La bio-curation : conserver les données du vivant
Aujourd’hui, la biologie étudie le vivant notamment au travers de l’information génétique. Les séquences codantes et leurs annotations sont le matériel principal des laboratoires de recherche. Il est donc primordial de réunir ces informations dans une base de données accessible facilement. Il faut alors convaincre les scientifiques de communiquer leurs résultats à la communauté en alimentant cet outil central. Sans forcément passer par la case publication dans une revue.
C’est ce travail que réalise le bio-curateur qui agrège et évangélise pour une espèce choisie. Nouveau métier qui consiste aussi à travailler en bonne entente avec les spécialistes des autres familles pour établir un format standard. Car cet effort d’harmonisation garantit la pérennité de ces informations et leur usage croissant. Les données du vivant sont devenues en deux décennies une matière stratégique. Autant dire que leur administration est un travail essentiel. Surtout si l’on prend en compte la montée en puissance de la biologie synthétique qui vise à créer des séquences artificiellement.
Après avoir obtenu un DESS de bio-informatique, Delphine Dauga intègre le CNRS en 2006 comme ingénieur en traitement de données biologiques à l’IBDML (Institut de biologie développementale de Marseille-Luminy). Elle rejoint ensuite l’équipe de Patrick Lemaire,
dont la thématique est l’étude du programme développemental des chordés. Dans ce cadre, elle devient bio-curatrice. Elle travaille à la conception du modèle de données pour stocker les informations sur les gènes des tuniciers. Elle crée par la suite la société Bioself pour mettre ces pratiques au service de la communauté scientifique.
Répliques art-science : vendredi 14 juin